兩罪在構成要件層面的不同點
（一）犯罪主體不同
以危險方法危害公共安全罪從刑法中的規定來看，其犯罪主體爲一般主體，即年滿16週歲，精神正常的自然人，具體到此次疫情期間出臺的《防控意見》中的規定來看，其犯罪主體爲已經確診的新型冠狀病毒感染肺炎病人、病原攜帶者以及新型冠狀病毒感染肺炎疑似病人。妨害傳染病防治罪的犯罪主體則爲一般主體，包括自然人和單位，其主體範圍比前罪更寬泛。
（二）犯罪客體不同
以危險方法危害公共安全罪的犯罪客體是國家對社會公共安全的管理秩序，這裏的“公共安全”是指不特定多數人的生命、健康和重大公私財產安全。所謂“不特定”是指犯罪行爲針對的不是特定的人或特定的財產，它的範圍和目標都是不確定的，或者犯罪對象雖然確定，但是可能造成危害結果的範圍大小及嚴重程度不確定。如果特定的話，很有可能會觸犯故意傷害罪或故意殺人罪等其他罪名。妨害傳染病防治罪的犯罪客體是國家關於傳染病防治的管理秩序。
（三）主觀方面不同
以危險方法危害公共安全罪的犯罪主觀方面是故意（包括直接故意和間接故意），這種故意既包括對於實施行爲的故意，也包括對造成結果的故意。即行爲人明知自己的行爲會造成危害公共安全的後果，並且希望或者放任這種危害結果發生的心理態度，這裏的“希望”就是直接故意，“放任”就是間接故意。妨害傳染病防治罪的犯罪主觀方面是過失（包括過於自信的過失和疏忽大意的過失）,即行爲人對違反傳染病防治法規定的行爲是故意的，但是對可能造成的損害後果是不明知的。
（四）客觀方面不同
以危險方法危害公共安全罪在刑法中的客觀方面是行爲人使用與放火、決水、爆炸、投放危險物質等相當的其他危險方法侵害不特定多數人的生命健康權或者重大公私財產權，造成公共安全受到嚴重損害的行爲。根據《防控意見》中的規定，該罪的客觀方面是行爲人拒絕隔離治療或者隔離期未滿擅自脫離隔離治療，並進入公共場所或公共交通工具的行爲。妨害傳染病防治罪的客觀方面則是除以上行爲外，還包括了行爲人其他拒絕執行衛生防疫機構依照傳染病防治法提出的防控措施，引起病毒傳播的行爲，其具體表現形式在刑法第330條中有涉及。
