司法確認適用於工程款糾紛。
《中華人民共和國人民調解法》第三十三條，經人民調解委員會調解達成調解協議後，雙方當事人認爲有必要的，可以自調解協議生效之日起三十日內共同向人民法院申請司法確認，人民法院應當及時對調解協議進行審查，依法確認調解協議的效力。
人民法院依法確認調解協議有效，一方當事人拒絕履行或者未全部履行的，對方當事人可以向人民法院申請強制執行。
人民法院依法確認調解協議無效的，當事人可以透過人民調解方式變更原調解協議或者達成新的調解協議，也可以向人民法院提起訴訟。
《最高人民法院關於人民調解協議司法確認程序的若干規定》第四條規定，有下列情形之一的，人民法院不予受理：
（一）不屬於人民法院受理民事案件的範圍或者不屬於接受申請的人民法院管轄的；
（二）確認身份關係的；
（三）確認收養關係的；
（四）確認婚姻關係的。
工程款糾紛不屬於上述法院不受理的範圍，所以司法確認是否適用於工程款糾紛。
