印花稅應由總公司申報繳納，可選擇總公司或分公司所在地主管稅務機關繳納。分公司簽訂來的合同有效，分公司屬於分支機構，在法律上經濟上沒有獨立性，僅僅是源總公司的附屬機構。一般取得營業執照的分公司可以獨立百簽署合同，不過一般合同方需要總公度司的授權或者是加蓋總公司印章，得到總公司的追認。
《國家稅務總局關於企業集團內部使用的有關憑證徵收印花稅問題的通來知》(國稅函[2009]9號)規定,對於企業集團內具有平等法律地位的主體之間自願訂立、明確雙方購銷關係、據以供貨源和結算、具有合同性質的憑證,應按規定徵收印花稅。知對於企業集團內部執行計劃使用的、不具有合同性道質的憑證,不徵收印花稅。根據上述規定,分公司與分公司之間簽訂的具有合同性質的憑證,應當按規定繳納印花稅。
《公司法》
第十四條
公司可以設立分公司。設立分公司，應當向公司登記機關申請登記，領取營業執照。分公司不具有法人資格，其民事責任由公司承擔。公司可以設立子公司，子公司具有法人資格，依法獨立承擔民事責任。
