首先，發票的印製要求不同。增值稅專用發票由國務院稅務主管部門指定的企業印製；其他發票由省、自治區、直轄市國家稅務局、地方稅務局指定企業印製。
其次，發票使用的主體不同。增值稅專用發票一般只能由增值稅一般納稅人領購使用，普通發票則可以由從事經營活動並辦理了稅務登記的各種納稅人領購使用。
再次，發票的內容不同。增值稅專用發票除了具備普通發票所具備的內容外，還包括納稅人稅務登記號、不含增值稅金額、適用稅率、應納增值稅額等內容。
第四、發票的聯次不同。專用發票有四個聯次、七個聯次兩種，而普通發票則只有三聯一種。
最後，發票的作用也是不同的。專用發票不僅是購銷雙方收付款的憑證，而且可以用作購買方扣除增值稅的憑證；而普通發票除運費、收購農副產品、廢舊物資的按法定稅率作抵扣外，其他一律不予作抵扣使用。
法律依據
《增值稅專用發票規定》
第三條
一般納稅人應透過增值稅防僞稅控系，使用專用發票。使用，包括領購、開具、繳銷、認證紙質專用發票及其相應的數據電文。
本規定所稱防僞稅控系統，是指經國務院同意推行的，使用專用設備和通用設備、運用數字密碼和電子存儲技術管理專用發票的計算機管理系統。
