總公司按合併報表的方式，以其淨資產（虧損額）與總公司賬面的撥款相抵並確認虧損。同時應將應承接的債權、債務一併併入總公司賬內。在確認虧損時，涉及總、分公司的所得稅問題，應多與稅務聯繫（特別是總公司）。如果分公司是虧損的，在最後結賬時虧損也是要轉到總公司的。《公司法》第一百八十八條 公司註銷公司清算結束後，清算組應當製作清算報告，報股東會、股東大會或者人民法院確認，並報送公司登記機關，申請註銷公司登記，公告公司終止。
