外商投資項目經政府投資主管部門覈准項目和經工商部門覈准企業名稱，或部分非生產性外商投資項目經工商部門覈准企業名稱後，將合同、章程等有關資料檔案，按照審批權限報商務部門審批。
一、報批《項目申請報告》
外商投資項目在《國務院關於投資體制改革的決定》中被確立爲需政府覈准的投資項目。中外投資者在向政府部門提出設立外商投資企業申請之前，需按照國家規定的審批權限和程序向政府投資主管部門報送《項目申請報告》(或可行性研究報告)，申請對項目進行覈准。
部分非生產性外商投資項目可按國家規定將《項目申請報告》(或可行性研究報告)和其它有關設立外商投資企業的材料直接報省級商務主管部門或由省級商務主管部門轉報國家商務部審批。
二、名稱覈准登記
《項目申請報告》(或可行性研究報告)經批准後，項目單位向工商部門申請對擬設立的企業覈准名稱。
三、報批企業合同、章程，領取批准證書
外商投資項目經政府投資主管部門覈准項目和經工商部門覈准企業名稱，或部分非生產性外商投資項目經工商部門覈准企業名稱後，將合同、章程等有關資料檔案，按照審批權限報商務部門審批。
領取批准證書前，應持商務部門正式批准檔案到質量技術監督局代碼中心領取《企業組織機構賦碼通知單》。
四、申請工商註冊登記
在領取批准證書後30日內到工商部門領取營業執照。
注：《公司法》規定，公司自批准設立之日起90日內，進行設立登記。“三資法”規定自領到批准證書之日起30日內進行登記。根據特別法優於普通法的原則，應適用“三資法”的規定。
五、申請財政、稅務、外匯、海關登記
在領營業執照後30日內，應到財政、稅務、外匯、海關等部門辦理登記手續。到質量技術監督局代碼中心領取企業組織機構代碼證書，開立銀行帳戶。
設立外商獨資企業，外國投資者應填制外資企業設立申請表，編制可行性研究報告，連同企業章程及有關檔案直接報商務部門審批。其它程序與上述相同。
對違反上述規定審批的外商投資項目，上級審批機關應當自收到該項目的備案檔案之日起30天內予以撤銷，其合同、章程無效、企業登記機關不予註冊登記或者註銷登記，海關不予辦理進口手續。
《行政許可法》第31條中規定：“申請人申請行政許可，應當如實向行政機關提交有關材料和反映真實情況，並對其申請材料實質內容的真實性負責。”外商投資項目當事人以欺騙等不正當手段，騙取項目建議的批准的，根據情節輕重，依法追究法律責任;審批機關應當撤銷對項目的批准，並由有關主管機關依法作出相應的處理。《關於進一步加強外商投資企業審批和登記管理有關問題的通知》第12條規定“審批機關和登記機關發現中外投資者或外商投資企業嚴重違反國家法律、法規的行爲，尤其是利用各種形式搞假合資，一經查實，應立即責令其限期加以改正;逾期不改正的，原審批機關和原登記機關有權收繳其外商投資企業批准證書，吊銷其營業執照，並按有關法律、法規予以處罰。”
