項目股權投資協議書要寫清楚的條款主要是：雙方當事人的基本情況；合作的定義；股權合作的比例；合作後立行基準日約定；雙方到資的比例期限約定；甲方的權利與義務；乙方的權利與義務；保密(雙方)協定；雙方違約責任；協議的變更及終止約定等。
【法律依據】《民法典》第四百七十條，合同的內容由當事人約定，一般包括下列條款：
（一）當事人的姓名或者名稱和住所；
（二）標的；
（三）數量；
（四）質量；
（五）價款或者報酬；
（六）履行期限、地點和方式；
（七）違約責任；
（八）解決爭議的方法。
當事人可以參照各類合同的示範文字訂立合同。
