合夥開店營業執照寫個人名字會吃虧嗎

不存在吃虧的說法。
營業執照上的負責人只能寫一個人的名字，兩個人的合夥投資關係可以以雙方的協議規定，即使營業執照未體現名字的一方依照協議同樣享有權利和承擔責任的義務。
《個體工商戶條例》第八條