總公司下的分公司具體做賬方式有下述兩種：
一、總公司和分公司可以獨立覈算的，雙方獨自核算即可。
獨立覈算單位一般應同時具備以下條件：、
（1）具有法人地位的經濟單位；
（2）有完整的會計工作組織體系；
（3）獨立編制財務收支計劃和資金平衡表，自行計算盈虧；
（4）在銀行開設獨立帳戶，可對外辦理購銷業務和貨幣結算等。行政、事業單位中，對預算執行過程進行全面覈算和獨立編制決算的，也稱獨立覈算單位，如高等院校，某些中等專業學校、中學等。
二、若不是獨立覈算，則需要設定企業所得稅稅種，按照法人企業申報繳納企業所得稅。
（1）非獨立覈算是指沒有完整的會計憑證和會計賬簿體系，只記錄部分經濟業務的單位所進行的會計覈算。
（2）非獨立覈算是指單位從上級單位領取一定數額的物資、款項從事業務活動，不獨立計算盈虧，把日常發生的經濟業務資料，報給上級集中進行會計覈算。
《中華人民共和國公司法》
第十四條分公司與子公司
公司可以設立分公司。設立分公司，應當向公司登記機關申請登記，領取營業執照。分公司不具有法人資格，其民事責任由公司承擔。公司可以設立子公司，子公司具有法人資格，依法獨立承擔民事責任。
