分公司是否獨立覈算自行決定。如果在同一區域內(同一主管稅務分局或所)的，可以實行報帳制，放到公司總部做，由總部統一繳稅。如果跨區域的，是否獨立覈算不是主要的，分公司的稅收由分公司在該區域就地繳納。跨區域經營的情況很多，在稅收上處理也是不一樣的。分公司採取非獨立覈算的，那麼均由總公司開具發票，章子也是總公司的，所有的往來都與總公司發生關係，分公司只是以總公司的名義招覽客戶而已，特別是有資質才能經營的項目(如建築)。
