代理合同糾紛有法律效力的。依據我國相關法律的規定，分公司雖然不具有獨立的法人資格，但是具有對簽訂合同資格的，分公司簽訂的合同依法成立的，受法律的保護。
根據《民法典》的規定，委託代理的形式主要有兩種，即書面和口頭形式，當事人在實際運用中，可以用口頭形式，也可以用書面形式，但法律規定用書面形式的，應按法律規定，採用書面形式，如訴訟代理，代簽經濟合同等，均應採用書面形式。
二、代理合同的法律責任
1、代理人和被代理人之間負連帶責任。委託書授權不明的，被代理人應當向第三人承擔民事責任，代理人負連帶責任。如果代理人知道被委託代理的事項違法仍然進行代理活動的，由被代理人和代理人負連帶責任。
2、代理人不履行代理職責，損害被代理人利益的責任。如果代理人以被代理人的名義同自己或者同自己所代理的其他人進行民事活動造成損失的，應當承擔民事責任。這種情況實際上是代理人獨斷代理行爲。如果代理人和第三人串通，損害被代理人的利益的，由代理人第三人負連帶責任。
3、無權代理造成損害的責任。如果沒有代理權、超越代理權或者代理權終止後的代理行爲，只有經過被代理人的追認，被代理人才承擔法律責任。未經追認的行爲，由行爲人承擔法律責任。如果本人知道他人以本人的名義實施民事行爲而不作否認表示的，視爲同意。如果第三人知道行爲人沒有代理權;超越代理權或者代理權已經終止還與行爲人實施民事行爲給他人造成損失的，由第三人和行爲人負連帶責任。
代理人爲了維護被代理人的利益，可以將自己取得的代理權轉託他人。轉託他人代理的，應當事先取得被代理人的同意。事先沒有取得被代理人的同意，應當在事後及時告訴被代理人，如果被代理人不同意，由代理人對自己所轉託的人的行爲負法律責任。但在緊急情況下，爲了保護被代理人的利益而轉託他人代理的，不受這個限制。
不管是簽署正式的合同，還是簽署的代理合同，只要是在雙方自願一致協商的情況下，都是在簽訂之後具有法律效力，受到法律的保護的。雙方當事人需要按照合同簽署的內容嚴格執行。如果對於代理合同的法律效力有疑義的，也是可以向法院提起訴訟確認是否具有相應效力的。
