補充合同是主合同的從屬合同，補充合同依附於主合同而成立，沒有主合同，就不會產生補充合同，這是主合同與補充合同基本關係。當然，主合同因爲有了補充合同，所以使得主合同原意更準確、更完善、更具有可操作性。在日常合同管理過程中，正因爲有了補充合同這種特殊形式，所以能夠保證雙方履約順利，合同糾紛減少。當補充合同的約定與主合同的約定發生矛盾時，應該以時間在後的約定條款爲準執行，因爲時間在後的約定，實際上是對主合同的原約定的重新修訂，該新約定是補充合同的精要和實質，如果仍以主合同的原條款爲準執行，那麼就失去了補充合同存在的意義。
法律依據：
《中華人民共和國合同法》（自2021年1月1日起廢止）第五十七條
合同無效、被撤銷或者終止的，不影響合同中獨立存在的有關解決爭議方法的條款的效力。
《民法典》第五百零七條，合同不生效、無效、被撤銷或者終止的，不影響合同中有關解決爭議方法的條款的效力。
