在股權轉讓協議糾紛中，如果雙方當事人對管轄法院有約定且約定有效的，應適用其約定;沒有約定或約定不明，應適用法律規定，即由被告住所地或合同履行地人民法院管轄。《民事訴訟法》第二十四條因合同糾紛提起的訴訟，由被告住所地或者合同履行地人民法院管轄。
