補辦離婚協議應當在婚姻登記機關進行，在夫妻辦理協議離婚時，需要向婚姻登記機關提交離婚協議書，該離婚協議書是一式三份，也就是在婚姻登記機關留了一份歸檔。《民法典》 第一千零七十七條 自婚姻登記機關收到離婚登記申請之日起三十日內，任何一方不願意離婚的，可以向婚姻登記機關撤回離婚登記申請。前款規定期限屆滿後三十日內，雙方應當親自到婚姻登記機關申請發給離婚證；未申請的，視爲撤回離婚登記申請。
