(1)兩者的構成要件不同。依據各自的概念，我們可以看出，事實婚姻在我國目前審判實際中的發生、認可是受到特定時間，特定條件等方面限制的。而同居關係的構成相對來講限制較少。
(2)兩者的法律後果不同。一旦被認定爲事實婚姻的，具體處理時則視同具有法律效力的結婚，與合法的經登記締結的婚姻關係同樣對待。而如果被認定爲屬於同居關係，則這種同居關係本身將不受到法律的保護。
(3)適用的程序及相關的規定不同。對屬於事實婚姻關係的案件，人民法院受理後，依法要先進行調解，調解和好或者撤訴的，確認該婚姻關係有效，發給調解書或裁定書;經調解不能和好的，根據各案情況的不同，即可以調解離婚或者判決准予離婚。而同居關係則不同。法院只受理有配偶者與他人形成的同居關係，且受理此類糾紛後，不能進行調解，一律予以解除。對於雙方均無配偶的男女之間形成的同居關係，一方訴至法院要求離婚或要求關係時，法院則不予受理。此外，當事人起訴到人民法院屬於事實婚姻的，當事人即使不去補辦結婚登記，人民法院對其婚姻關係的合法性也必須予以認可，依然按照合法、有效的婚姻案件來審理。而如果屬於雙方均無配偶的同居關係的，當事人要想使自己的生活狀態受到法律保護，則必須補辦結婚登記。同時，在身份關係，共同生活期間所得財產的認定，所生子女是否爲婚生子女，能否以配偶身份享有問題等方面，也會使兩者面對不同的處理結果。
綜合上面所說的，同居關係和事實婚姻這兩者情況都是屬於沒有按規定進行登記婚姻，但這兩者是屬於不同的情形，一種是完全不受法律的認可，但對於另一種只要在時間之內都可以受婚姻法的保護，所以，在處理的時候就要看實際情況，這樣才能保障到自己的權益。
