通常離婚時如果有兩個孩子的話，原則上法院判決是一人一個。但如果兩個孩子都在兩週歲以下，那麼兩週歲以下的孩子原則上判給女方，即很有可能這兩個小於兩週歲的孩子都會判給女方;如果孩子都是大於八週歲，那麼法官會徵求孩子意見，兩個大於八週歲的孩子如果都願意選擇其中的一方，法院也會尊重孩子的意願，把兩個孩子判給其中一方。
法律依據：
《中華人民共和國民法典》第一千零八十四條規定，離婚後，不滿兩週歲的子女，以由母親直接撫養爲原則。已滿兩週歲的子女，父母雙方對撫養問題協議不成的，由人民法院根據雙方的具體情況，按照最有利於未成年子女的原則判決。子女已滿八週歲的，應當尊重其真實意願。
具體規定如下：
1、2週歲以下的子女，一般隨母方生活。母方有下列情形之一的，可隨父方生活：
(1)患有久治不愈的傳染性疾病或其他嚴重疾病，子女不宜與其共同生活的;
(2)有撫養條件不盡撫養義務，而父方要求子女隨其生活的;
(3)因其他原因，子女確無法隨母方生活的。
2、父母雙方協議2週歲以下子女隨父方生活，並對子女健康成長無不利影響的，可予准許。
3、對2週歲以上未成年的子女，父方和母方均要求隨其生活，一方有下列情形之一的，可予優先考慮：
(1)已做絕育手術或因其他原因喪失生育能力的;
(2)子女隨其生活時間較長，改變生活環境對子女健康成長明顯不利的;
(3)無其他子女，而另一方有其他子女的;
(4)子女隨其生活，對子女成長有利，而另一方患有久治不愈的傳染性疾病或其他嚴重疾病，或者有其他不利於子女身心健康的情形，不宜與子女共同生活的。
4、父方與母方撫養子女的條件基本相同，雙方均要求子女與其共同生活，但子女單獨隨祖父母或外祖父母共同生活多年，且祖父母或外祖父母要求並且有能力幫助子女照顧孫子女或外孫子女的，可作爲子女隨父或母生活的優先條件予以考慮。
5、父母雙方對10週歲以上的未成年子女隨父或隨母生活發生爭執的，應考慮該子女的意見。
6、在有利於保護子女利益的前提下，父母雙方協議輪流撫養子女的，可予准許。
綜上所述，離婚的時候有兩個未成年女孩子，夫妻雙方可以透過協議形式決定撫養權歸誰所有，不直接撫養孩子的一方需要支付孩子撫養和教育費用，如果無法協商一致，可以透過法院訴訟進行判決，判決依據跟孩子的性別無關，主要取決於孩子的年齡、夫妻雙方的撫養能力和撫養條件，選擇更有利於孩子成長的原則進行判決。
