民事糾紛不會留案底。1、民事糾紛只是在派出所留有問詢記錄或調解記錄,不叫案底。2、留有案底的是屬於刑事案件。3、民事糾紛如果上升到刑事案件就要留案底了。法律依據:《中華人民共和國刑事訴訟法》第一百六十二條公安機關偵查終結的案件,應當做到犯罪事實清楚,證據確實、充分,並且寫出起訴意見書,連同案卷材料、證據一併移送同級人民檢察院審查決定;同時將案件移送情況告知犯罪嫌疑人及其辯護律師。犯罪嫌疑人自願認罪的,應當記錄在案,隨案移送並在起訴意見書中寫明有關情況。