個人所得稅專項扣除不是扣工資。
專項附加扣除指的是，在計算綜合所得應納稅額時，除了5000起徵點和“三險一金”等專項扣除外，還允許額外扣除的項目，如子女教育、繼續教育、大病醫療、住房貸款利息或住房租金，以及贍養老人等專項附加扣除等六項費用。專項附加扣除於2019年1月1日起施行，折算到月收入的個稅計算方式如下：
月度收入-5000元起徵點-專項扣除三險一金等-專項附加扣除-依法確定的其他扣除=應納稅所得額
因此，實發工資=應發工資-各項扣款（包括責任扣款和法定扣款）。
法律依據：
《個人所得稅專項附加扣除暫行辦法》
第二條 本辦法所稱個人所得稅專項附加扣除，是指個人所得稅法規定的子女教育、繼續教育、大病醫療、住房貸款利息或者住房租金、贍養老人等6項專項附加扣除。
第三條 個人所得稅專項附加扣除遵循公平合理、利於民生、簡便易行的原則。
第四條 根據教育、醫療、住房、養老等民生支出變化情況，適時調整專項附加扣除範圍和標準。
