農村合作醫療報銷流程爲：1、如果是在市內定點醫療機構就診，可以直接在視窗刷卡報銷；2、在市外2級及以上的公立醫院就診，需要在出院的3個月後攜帶就醫資料以及身份證、戶口簿前往區服務中心報銷；3、審覈透過後，報銷的費用會打到指定的銀行帳戶中。此外，也可以把相關材料交給村（社區）合作醫療聯絡員，讓醫療聯絡員幫忙報銷。
