儘管城鎮職工醫療保險和城鎮居民醫療保險都屬於社會保障醫療保險，但因一個是針對職工，一個是針對居民，所以這兩種醫療保險之間也就存在了很多的不同之處，比如：針對的保障對象、繳費方式、醫療待遇等。
不同之一：保障對象
城鎮職工醫療保險主要針對的保障對象是城鎮的所有用人單位職工，包括企業(國有企業、集體企業、外商投資企業、港澳臺商投資企業、私營企業等)、機關、事業單位、社會團體、民辦非企業等單位的職工，以及享受退休金的退休人員;而城鎮居民醫療保險則不同，它所針對的保障對象則是處於勞動年齡段的未就業人羣、未成年居民，包括中小學階段學生(含職業高中、中專、技校學生)、學齡前兒童及其他未滿18週歲的未成年居民、殘疾人一類的低保對象，此外還包括其他城鎮非從業人員，以及不享受退休金的老年人羣。
不同之二：繳費方式
城鎮職工醫療保險由用人單位和個人以一定比例按月來共同繳納，繳納時，個人繳納部分和單位繳納部分都由單位統一負責辦理。一般來說個人繳納的城鎮職工醫療保險費用約爲個人收入的2%，而單位給繳納的保險費用約爲職工收入的6%～10%(例如在北京，個人繳納的城鎮職工醫療保險費用個人繳納部分爲收入的2%，然後再加3元大病統籌，單位的繳納部分爲職工收入的10%);而城鎮居民醫療保險則不同，它則是參加城鎮居民醫療保險者自己透過所在居委會或學校(幼兒園)按年繳納，繳費標準(以北京爲例)爲：城鎮學生兒童個人繳費金額爲每人每年100元;城鎮老年人個人繳費金額爲每人每年300元;城鎮無業居民個人繳費金額爲每人每年600元。同時按照有關政策的規定，某些情況特殊的居民經資格驗審後還可免費參保，這其中包括：享受本市城市居民最低生活保障的人員;享受本市城市居民生活困難補助待遇的人員;殘疾程度爲一級、二級、三級的精神殘疾人和智力殘疾人及殘疾程度爲一級、二級的肢體殘疾人和視力殘疾人;七至十級殘疾軍人;城鎮優撫對象;民政部門負責管理的見義勇爲人員、退養人員、退離居委會老積極分子等。
不同之三：醫療待遇
參加城鎮職工醫療保險者則可以享受住院費用報銷、統籌病種門診費用報銷以及用於支付住院和門診就醫時產生的醫療費用、在定點零售藥店購買藥品和家用醫療器械等費用的個人帳戶待遇3項內容;而參加城鎮居民醫療保險則不同，參加城鎮居民醫療保險者只可以享受住院費用報銷和統籌病種門診費用報銷待遇2項內容，對用於支付住院和門診就醫時產生的醫療費用、在定點零售藥店購買藥品和家用醫療器械等費用的個人帳戶待遇則享受不到。同時因城鎮居民醫療保險繳費費率相對較低，因此無論在哪一個地市，同等情況下報銷的待遇則也往往都低於城鎮職工醫療保險的待遇。
不同之四：繳費要求
城鎮職工醫療保險有繳費年限的規定：男性參加城鎮職工醫療保險的年限爲25年，女性參加城鎮職工醫療保險的年限爲20年，在達到國家法定退休年齡之後不需要再繳納費用即可享受基本醫療保險待遇;而城鎮居民醫療保險則不同，沒有繳費年限之說，參加城鎮居民醫療保險者需要1年繳納1次，年年都需要繳納，繳納即享受城鎮居民醫療保險，否則就享受不到。
當然，除了這些以外，城鎮職工醫療保險和城鎮居民醫療保險，還有不少的不同之處，比如報銷時的起付金額不同、報銷的比例不同，以及報銷的金額上限不同等。
上文中詳細介紹了我國城鎮職工醫療保險和城鎮居民醫療保險兩種不同的醫療保險制度的主要四點不同之處。他們的不同主要表現在醫療待遇、繳費要求、保障對象、繳費方式等方面。透過對這兩種保險的瞭解，參保人員可以以自身參保。
