管轄權異議申請訴訟費收取的情況有兩種
(一)被告提出管轄權異議是否預交案件受理費，現行法律沒有規定
在國務院《訴訟費用交納辦法》出臺之前，被告提出管轄權異議的，審判實踐中一般做法是，通知被告預交案件受理費，如其不預交則視爲撤回管轄權異議申請《訴訟費用交納辦法》施行後，在管轄權異議辦理中對案件受理費的收取非常混亂有的法院要求被告預交;有的法院不要求被告預交，而是要求被告在駁回裁定生效後再行交納;有的法院乾脆不收案件受理費造成這一現狀的原因是《訴訟費用交納辦法》規定的含混模糊
《訴訟費用交納辦法》第十三條第(六)項規定，“當事人提出案件管轄權異議，異議不成立的，每件交納50元至100元”根據此規定，管轄權異議的案件受理費是以結果論英雄，被告所提異議成立時，不象其他案件受理費那樣由敗訴方即原告承擔，而是不收取案件受理費只有被告所提異議不成立的，才收取案件受理費同時，《訴訟費用交納辦法》第二十條還規定，“案件受理費由原告、有獨立請求權的第三人、上訴人預交被告提起反訴，依照本辦法規定需要交納案件受理費的，由被告預交追索勞動報酬的案件可以不預交案件受理費”其中對於提出管轄權異議的被告是否預交案件受理費沒有做出規定
(二)被告提出管轄權異議應預交案件受理費
第一，無論案件受理費還是申請費均以預交爲原則，不預交爲例外從《訴訟費用交納辦法》的規定看，只有三類案件不用預交案件受理費和申請費，即追索勞動報酬的案件、申請執行、申請破產清算
第二，駁回管轄權異議裁定生效後交納不具有操作性管轄權異議不成立被駁回後，異議處理程序已經完結，被告沒有交納案件受理費的動力其拒不交納案件受理費，法院也只能走執行程序，此種做法過於浪費訴訟資源綜上，被告提出管轄權異議的，應通知其限期交納案件受理費，逾期不交納的視爲未提出申請;如最終經審查被告所提異議成立，裁定移送的，則同時退回預收的案件受理費
對管轄權存在異議的情況，可以提出管轄權異議，管轄權異議的案件受理費用一般是由被告預交，案件完結之後由敗訴的一方繳納費用，當事人提出案件管轄權異議，異議不成立的，每件交納五十元至一百元
