稅務複議和行政訴訟作爲兩種不同的權利救濟制度，是解決稅務行政爭議，規範稅務行政行爲，維護和監督稅務機關依法行使行政執法權的重要途徑。
(1)性質和審查原則不同
稅務行政複議是指當事人(納稅人、扣繳義務人、納稅擔保人)認爲稅務機關及其工作人員作出的具體行政行爲侵犯其合法權益，依法向上一級稅務機關或作出具體行政行爲的稅務機關所屬地方人民政府(複議機關)提出申請，複議機關經審理依法作出裁決解決稅務行政爭議的活動，是稅務機關一種內部糾紛解決機制。
稅務行政訴訟是指稅務當事人認爲稅務機關及其工作人員作出的具體行政行爲違法或不當，侵犯了其合法權益，依法向人民法院提起行政訴訟，由人民法院對具體稅務行政行爲的合法性進行審理並作出裁決的司法活動。稅務行政訴訟透過司法途徑保護稅務當事人的合法權益，維護和監督稅務機關依法行使行政職權，是一種司法救濟制度。兩者在行爲性質和審查原則方面有以下兩點區別：
第一，從行爲的性質來看，稅務行政複議只是稅務機關內部的監督和制約機制，屬於行政的審查活動，具有初審性質，不具有終局性(國務院的終局裁決例外);而稅務行政訴訟是透過人民法院進行審理和裁決的一種司法審查活動，是稅務糾紛的最終解決方式，具有終局審查的性質。
第二，從審查的原則來看，稅務行政複議可以同時對稅務具體行政行爲的合法性和合理性進行審查，申請人(納稅人、扣繳義務人、納稅擔保人)認爲具體行政行爲所依據的規定不合法時，還可以對該依據提出附帶審查申請(規定是指國家稅務總局、國務院各部門、地方各級地稅機關、縣級以上各級人民政府制定的規範性檔案，規章除外);而稅務行政訴訟僅侷限於對稅務具體行政行爲的合法性進行審查(以審查合理性爲例外)，只審查稅務具體行政行爲的合法性是爲了充分保證稅務機關在行政執法活動中的獨立性和自由裁量權。
(2)在適用上的順序不同
納稅人、扣繳義務人、納稅擔保人同稅務機關在納稅上發生爭議時，必須先按照稅務機關的納稅決定繳納或者解繳稅款及滯納金或者提供相應的擔保，然後可以依法申請行政複議，對行政複議決定不服的，可以依法向人民法院起訴;當事人對稅務機關的處罰決定、強制執行措施或者稅收保全措施不服的，可以依法申請稅務行政複議，也可以依法向人民法院起訴。
綜上所述，稅務行政複議和稅務行政訴訟作爲兩種不同的權利救濟制度，是解決稅務行政爭議，規範稅務行政行爲，維護和監督稅務機關依法行使行政執法權的重要途徑，兩者主要區別在於性質和審查原則不同以及在適用上的順序不同，當事人存在稅收爭議，履行稅收義務後首先需要申請行政複議，對複議決定不服時才能夠提起訴訟程序。
