1、侵犯的客體和時象不同。
挪用資金罪侵犯的客體是公司、企業或者其他單位的資金的使用權，對象是公司、企業或者其他單位的資金;職務侵佔罪侵犯的客體是公司、企業或者其他單位的資金的所有權，對象是公司、企業或者其他單位的財物，既包貨幣形態的資金和有價證券等，也包括實物形態的公司財產，如物資、設備等。
2、在客觀表現不同。
挪用資金罪表現爲公司、企業或者其他單位的工作人員，利用職務上的便利，挪用本單位資金歸個人使用或者借貸給他人，數額較大、超過3個月未還的，或者雖未超過3個月，但數額較大、進行營利活動的，或者進行非法活動的行爲;職務侵佔罪表現爲，公司、企業或者其他單位的人員，利用職務上的便利，將本單位財物非法佔爲己有，數額較大的行爲。
挪用資金罪的行爲方式是挪用，即未經合法批准或許可而擅自挪歸自己使用或者借貸給他人;職務侵佔罪的行爲方式是侵佔，即行爲人利用職務上的便利，侵吞、竊取、騙取或者以其他手段非法法佔有本單位財物。挪用本單位資金進行非法活動的，並不要求“數額較大”即可構成犯罪;職務侵佔罪只有侵佔本單位財物數額較大的，才能構成。
3、在主觀上不同。
挪用資金罪行爲人的目的在於非法取得本單位資金的使用權，但並不企圖永久非法佔有，而是準備用後歸還;職務侵佔罪的行爲人的目的在於非法取得本單位財物的所有權，而並非暫時使用。
挪用本單位資金數額較大不退還的，這裏所說的不退還，是指在挪用本單位資金案發後，人民檢察院起訴前不退還。一般認爲，在實際生活中，挪用本單位資金不退還的，分爲兩種情況：一種是主觀上想退還，但客觀上無能力退還，另一種是客觀上雖有能力退還，但主觀上已發生變化，先前的挪用本單位資金的故意已經轉化爲侵佔該資金的故意。
在司法實踐中，如果行爲人在挪用本單位資金後，確屬犯罪故意發生轉變，不再想退還，而是企圖永久非法佔爲己有，在客觀上有能力退還而不退還的，因爲屬於《刑法》中的轉化犯，仍應根據處理轉化犯的原則，直接以職務侵佔罪定罪處罰。
無論是挪用資金罪還是職務侵佔罪，其實都是在公司中有一定職務的人員利用職務的便利私自侵佔、挪用本單位財產的行爲，不同的犯罪行爲有着不同的量刑標準，並且挪用資金罪與職務侵佔罪的區別也是很大的，在認定犯罪的時候要注意相關的不同之處。
