公安機關批捕案件存在的問題有檢察機關自偵案件的逮捕缺乏監督制約機制。逮捕適用過於廣泛，羈押比率過高。沒有細化的客觀標準，在司法實踐中全憑辦案人主觀判斷，造成適用上的混亂和氾濫。取保候審與逮捕相脫節，訴訟保障手段不能很好地互相銜接。
(一)檢察機關自偵案件的逮捕缺乏監督制約機制。而我國則是國家工作人員犯罪的自偵案件由檢察機關自偵自捕，缺乏外部的監督程序。在我國的司法實踐中，自偵部還是沿用由供到證的偵查模式：一般是掌握一定線索後即訊問犯罪嫌疑人，再以嫌疑人供述的線索獲取其他證據。這種偵查模式很難在短暫的拘留時間內獲得符合逮捕條件的證據，透過逮捕來完成證據的收集成爲偵查部門的實際需要。雖然在檢察機關內部自偵部門與負責審查逮捕的偵查監督部門是分開的兩個部門，但兩者都屬於同一個檢察機關，相互之間必然存在配合關係，而且逮捕的最後的決定權由檢察長作出，這就難免出現以捕代偵情況，使逮捕措施失去正當性。
(二)逮捕適用過於廣泛，羈押比率過高。沒有細化的客觀標準，在司法實踐中全憑辦案人主觀判斷，造成適用上的混亂和氾濫。由於對不捕後可能發生的犯罪嫌疑人逃跑過於擔心，加上對嫌疑人人身權利的漠視，辦案人員對有證據證明有犯罪事實犯罪嫌疑人往往一捕了之，不論有無實際羈押的必要，導致一些犯罪嫌疑人的人身權利在審判前受到不必要的剝奪。
(三) 取保候審與逮捕相脫節，訴訟保障手段不能很好地互相銜接。
(四)犯罪嫌疑人對逮捕羈押沒有法定的抗辯權，使其審前的人身權利得不到應有的保障。大多數情況下，公安、司法機關不必有充分的理由就可以駁回申請，有的駁回的理由只是辦案人主觀的猜測，沒有實際的根據。而對逮捕措施的濫用，嫌疑人沒有任何救濟的途徑。嫌疑人對自己人身權利的保護完全是被動的。
雖然我國司法體系已經十分完善，但是由於社會變化日益更新，故而我國逮捕等法規範在具體落實的過程中，依舊存在着公安機關的職員不按照既定的規範行動，導致民事主體的權益受到侵害，故而在司法實際中，由於逮捕的因素提出得到國家賠償的案件比較常見。
