一、檢察機關二次退偵後怎麼辦?
對於二次補充偵查的案件，人民檢察院仍然認爲證據不足，不符合起訴條件的，應當作出不起訴的決定。根據《刑事訴訟法》第一百七十一條規定，人民檢察院審查案件，可以要求公安機關提供法庭審判所必需的證據材料，認爲可能存在本法第五十四條規定的以非法方法收集證據情形的，可以要求其對證據收集的合法性作出說明，人民檢察院審查案件，對於需要補充偵查的，可以退回公安機關補充偵查，也可以自行偵查。對於補充偵查的案件，應當在一個月以內補充偵查完畢，補充偵查以二次爲限，補充偵查完畢移送人民檢察院後，人民檢察院重新計算審查起訴期限。
二、司法解釋
1、補充偵查的情況有兩種。即如果是由公安機關偵查終結，人民檢察院審查之後，需要補充偵查時，既可以決定將案件退回公安機關補充偵查，也可以決定自行偵查，必要時可以要求公安機關協助。
但是，如果是人民檢察院自行偵查終結的案件需要補充偵查的，則不能退由公安機關補充偵查。
2、對於退回公安機關補充偵查的案件，應當在一個月以內補充偵查完畢;人民檢察院審查起訴的期限從案件補充偵查完畢移送起訴之日起重新計算。人民檢察院審查起訴中決定自行偵查的，應當在審查起訴期限內偵查完畢。
3、補充偵查的次數不得超過2次。這既指退回公安機關補充偵查的案件，也包括人民檢察院決定退回偵查部門補充偵查的案件。
4、經過補充偵查的案件，人民檢察院仍然認爲證據不足，不符合起訴條件的，應當作出不起訴的決定。目的在於維護犯罪嫌疑人的合法權益，防止案件久拖不決，提高訴訟效率。
檢察機關的司法職能是對案件進行審查認定，以便作出是否批捕或者審查起訴的決定，但對犯罪事實不能認定的，或者是犯罪證據存在異議的訴訟案件，是可以按照法律規定的程序進行退回補充偵查處理的，但如果兩次還沒有作出認定的，則可以取保或者釋放當事人。
