公訴案遞交法院，如果有被告人不構成犯罪的證據，檢察院是會撤回起訴的，不是公安機關撤回。
法律依據：
《刑事訴訟法》
第一百六十九條
凡需要提起公訴的案件，一律由人民檢察院審查決定。
第一百七十條 對監察機關移送起訴案件的審查
人民檢察院對於監察機關移送起訴的案件，依照本法和監察法的有關規定進行審查。人民檢察院經審查，認爲需要補充覈實的，應當退回監察機關補充調查，必要時可以自行補充偵查。 對於監察機關移送起訴的已採取留置措施的案件，人民檢察院應當對犯罪嫌疑人先行拘留，留置措施自動解除。人民檢察院應當在拘留後的十日以內作出是否逮捕、取保候審或者監視居住的決定。在特殊情況下，決定的時間可以延長一日至四日。人民檢察院決定採取強制措施的期間不計入審查起訴期限。
