非法經營罪，屬於公訴案件，依法由公安機關管轄，立案偵查。行政機關在查處相關的案件時，發現違法行爲的，應移送公安機關立案偵查，追究犯罪嫌疑人的刑事責任。如果公安機關直接查處的非法經營案件，不達刑事追究標準的，則應移送相關行政機關，追究行政責任。
法律依據：《刑法》
第二百二十五條違反國家規定，有下列非法經營行爲之一，擾亂市場秩序，情節嚴重的，處五年以下有期徒刑或者拘役，並處或者單處違法所得一倍以上五倍以下罰金;情節特別嚴重的，處五年以上有期徒刑，並處違法所得一倍以上五倍以下罰金或者沒收財產：
(一)未經許可經營法律、行政法規規定的專營、專賣物品或者其他限制買賣的物品的;
(二)買賣進出口許可證、進出口原產地證明以及其他法律、行政法規規定的經營許可證或者批准檔案的;
(三)未經國家有關主管部門批准非法經營證券、期貨、保險業務的，或者非法從事資金支付結算業務的;
(四)其他嚴重擾亂市場秩序的非法經營行爲。
