衛生許可證會自動註銷。衛生許可證有效期屆滿未辦理延續的，衛生許可證自動註銷；食品生產經營者在衛生許可證有效期內，停止食品生產經營活動一年以上的，衛生許可證自動失效並由原發證機關注銷。【法律依據】《食品衛生許可證管理辦法》第44條，有下列情形之一的，衛生行政部門應當依法註銷衛生許可證：（一）衛生許可證有效期屆滿未延續的；（二）食品生產經營者依法終止的；（三）衛生許可證依法被撤銷、撤回或者衛生許可證依法被吊銷的；（四）依法應當註銷衛生許可證的其他情形。
