賠償是整個處理的核心問題。無論多少複雜的，獲得相應的是患方的最終目的。如果這個核心問題得不到客觀、公正處理，醫患雙方因醫療事故引發的糾紛就會沒完沒了地鬧下去。新《條例》使這一問題得以定性和初步量化。
據專家介紹，醫療事故賠償確認要經過五個步驟，如果你或你的親友不幸遇上醫療事故，不妨對照一下，以做到心中大致有數。
第一步，鑑定醫療事故。
醫療事故可透過三條途徑解決：雙方自行協商、向衛生行政部門提出處理申請或向人民法院提起訴訟。
解決的關鍵在於醫療事故的技術鑑定，
醫療事件先由醫院所在轄區的區縣醫學會進行首次鑑定;
當事人對首次鑑定結論不服的，可提出再次鑑定的申請，市醫學會負責組織鑑定;
如果對再次鑑定結論仍不服，可向法院提起訴訟，由法院最終裁定。
此外，經市物價局批准，如上海首次(區級)鑑定費是2500元，再次(市級)鑑定費是3500元，屬費由醫院承擔，非醫療事故鑑定費由患方承擔。
第二步，由醫學會給出醫療事故鑑定報告。
報告通常包括三個層次
一、是否屬醫療事故。
二、屬幾級醫療事故
一級醫療事故：造成患者死亡、重度殘疾的;
二級醫療事故：造成患者中度殘疾、器官組織損傷導致嚴重功能障礙的;
三級醫療事故：造成患者輕度殘疾、器官組織損傷導致一般功能障礙的;
四級醫療事故：造成患者明顯人身損害的其他後果的。
三、醫療人員負有哪種責任
完全責任，醫療機構承擔100%的賠償責任;主要責任承擔70%的賠償責任;
次要責任，承擔30%的賠償責任;輕微責任，承擔10%的賠償責任)。
第三步，根據《條例》規定的11項標準計算的醫療事故賠償基數。
(一)醫療費：按照醫療事故對患者造成的人身損害進行治療所發生的醫療費用計算，憑據支付，但不包括原發病醫療費用。結案後確實需要繼續治療的，按照基本醫療費用支付。原則上按照本市基本醫療保險醫療服務設施範圍、用藥範圍、診療項目等確定，實行一次性結算。
(二)誤工費：患者有固定收入的，按照本人因誤工減少的固定收入計算，對收入高於醫療事故發生地上一年度職工年平均工資3倍以上的，按照3倍計算;無固定收入的，按照醫療事故發生地上一年度職工年平均工資計算。2004年全市職工平均工資爲17764元。
(三)住院伙食補助費：按照醫療事故發生地國家機關一般工作人員的出差伙食補助標準計算。根據市勞動和社會保障局和統計局每年聯合發佈的標準確定。
(四)陪護費：患者住院期間需要專人陪護的，按照醫療事故發生地上一年度職工年平均工資計算。
(五)殘疾生活補助費：根據傷殘等級，按照醫療事故發生地居民年平均生活費計算，自定殘之月起最長賠償30年;但是，60週歲以上的，不超過15年;70週歲以上的，不超過5年。2004年上海市居民年均消費性支出爲9336元。
(六)殘疾用具費：因殘疾需要配置補償功能器具的，憑醫療機構證明，按照普及型器具的費用計算。
(七)喪葬費：按照醫療事故發生地規定的喪葬費補助標準計算。根據上海市勞動和社會保障局和統計局每年聯合發佈的本市在職職工上年月平均工資2倍確定。2004年上海市在職職工月平均工資爲1815元。
(八)被扶養人生活費：以死者生前或者殘疾者喪失勞動能力前實際扶養且沒有勞動能力的人爲限，按照其戶籍所在地或者居所地居民最低生活保障標準計算。對不滿16週歲的，扶養到16週歲。對年滿16週歲但無勞動能力的，扶養20年;但是，60週歲以上的，不超過15年;70週歲以上的，不超過5年。
(九)交通費：按照患者實際必須的交通費用計算，憑據支付。
(十)住宿費：按照醫療事故發生地國家機關一般工作人員的出差住宿補助標準計算，憑據支付。
(十一)精神損害撫慰金：按照醫療事故發生地居民年平均生活費計算。造成患者死亡的，賠償年限最長不超過6年;造成患者殘疾的，賠償年限最長不超過3年。
