基本醫療保險結算的程序分爲四種：(一)住院及特殊病種門診治療的結算程序。(二)(三)異地安置人員結算程序。
1、異地安置異地工作人員由其所在單位爲其指定1-2所居住地定點醫療機構，並報醫療保險經辦機構備案。
2、異地安置異地工作人員患病在居住地定點醫療機構就診所發生的醫療費用，由本人或所在單位先行墊付，治療結束後，由所在單位持參保人員醫療證及病歷、有效費用票據、複式處方、住院費用清單等在規定日期到社會醫療保險經辦機構進行結算。
(四)轉診轉院結算。
1、參保人員因定點醫療機構條件所限或因專科疾病轉往其它醫療機構診斷治療的，需填寫轉診轉院審批表。由經治醫師提出轉診轉院理由，科主任提出轉診轉院意見，醫療機構醫保辦審覈，分管院長簽字，報市醫保中心審批後，方可轉院
。2、轉診轉院原則上先市內後市外、先省內後省外。市內轉診轉院規定在定點醫療機構間進行。市外轉診轉院須由本市三級以上定點醫療機構提出。
3、參保人員轉診轉院後發生的醫療費用，由個人或單位先用現金墊付，醫療終結後，由參保人或其代理人持轉診轉院審批表、病歷證書、處方及有效單據，到醫保經辦機構報銷屬於統籌基金支付範圍的住院費用。
法律依據：《中華人民共和國社會保險法實施細則》
第八條 參保人員在協議醫療機構發生的醫療費用，符合基本醫療保險藥品目錄、診療項目、醫療服務設施標準的，按照國家規定從基本醫療保險基金中支付。
參保人員確需急診、搶救的，可以在非協議醫療機構就醫;因搶救必須使用的藥品可以適當放寬範圍。參保人員急診、搶救的醫療服務具體管理辦法由統籌地區根據當地實際情況制定。
