一、權屬來源複雜執法力量薄弱
違法佔地建房難以確權。農村違法佔地建房是導致確權登記難的重要因素之一。其中既包括歷史形成的違法建設，也包括近年新發生的違法建房，主要表現爲未批即建、邊報邊建、少批多建和移位建設。原村莊土地規劃對宅基地用地空間預留不足，難以滿足村民對宅基地的用地需求，加之部分村民選擇的建房位置受地理、“風水”等多方面影響，大多不符合規劃無法“落地”，導致未批即建、未批先建、少批多建屢屢發生。再次，宅基地審批程序繁雜。宅基地審批涉及規劃、國土、環保、林業等多個部門，手續雜、週期長，村民建房心切，造成未批先建。最後，執法力量薄弱。基層國土所人員、經費和裝備不足，缺少依法拆除等強制措施，而違法建房成本低、代價小，往往得不到有效制止。
“一戶多宅”點多面廣。農村宅基地制度改革要以確權登記頒證工作爲基礎，堅持“一戶一宅”原則。但現實中因“建新不拆舊”、繼承祖輩遺產、經營性用地改爲宅基地、違法搶建、家庭重組等原因造成的“一戶多宅”現象十分突出。按照福建省的標準，一戶宅基地面積上限爲150平方米，7個“樣本村”中“一戶多宅”平均佔比爲20.9%，這種“一戶多宅”現象對農村宅基地確權登記發證形成較大阻礙。
歷史權屬來源不清。一方面，歷史權源檔案多樣難以判斷。由於行政區域及管理機構的演變，每個歷史階段的用地手續不盡相同，批准的用地文書形式多樣，從50年代至60年代用地契約、到近年各地進行違法用地清查涉及的補辦用地協議及證明等，種類多且有的相互夾雜或重複，批准用地位置模糊簡單，工作人員在地籍調查過程中難以判斷。另一方面，因各種原因導致權源材料缺失難以確認。因個人管理、搬遷、災毀等原因造成宅基地產權人無法提供合法用地手續或權源的宅基地，其建房時間、權利歸屬、現狀管理等情況難以確認;還存在一幢房子由多戶共有，登記申請人無法進行有效舉證、早期產權人申請時用名隨意，導致申請名稱與現身份證登記不一等難以確權的現象也佔相當的比例。如長泰縣內坊村未確權登記的348戶中，因檔案缺失和戶名不符的情況有38戶，佔未確權登記戶數的10.9%。
宅基地權利人積極性不高。宅基地權利人即使符合登記條件也不申請登記。如一些人外出務工自願申請登記的意願不強，一些人對宅基地登記的重要性認識不足，缺乏動力，沒有積極性。確權登記的前提是依申請辦理，但部分權利人認爲自己房子已經使用，登記不登記無所謂。其形成的主要原因是農村宅基地使用權不能單獨流轉，農民住房財產權抵押、擔保、轉讓的權能尚未得到充分顯現。
二、釐清權源分類處置
對違法佔地建房予以“有限”登記。對於違法佔地建房不能以均不予確權或均以罰款方式處置等一概而論，應根據具體情況分類處理。一方面，在村鎮規劃編制或實施前因違法佔地建房而無法確權登記的，包括未批即建、未批先建、少批多建、移位建設的宅基地應在限定面積內，補辦用地審批手續並予以確權登記;對超面積部分先罰款、後補辦、再登記。超佔面積的罰款可“從低從輕”收取，分檔累進。另一方面，村鎮規劃實施後在規劃範圍內未批即建、少批多建、未批先建、移位建設的宅基地，在限定面積內補辦用地審批手續予以登記;在規劃範圍以外的宅基地確權登記時只記載其使用現狀並明確其“有限”權能，不得用於抵押、交易。超佔面積部分同上予以罰款處置。
對“一戶多宅”採取協商和有償方式確權登記。對歷史形成的“一戶多宅”的，要區分造成多宅現象的原因，與村集體和村民協商處理。原則上申請人只能選擇其中的一處宅基地在規定面積範圍內進行登記發證，其餘宅基地應按照有償使用的原則，對其收取一定的有償使用費，提高其擁有多套住房或超佔宅基地的持有成本，並由宅基地使用人與村集體經濟組織簽訂拆遷保證書，約定在拆遷時對超佔部分僅按建築成本補償，不採取產權置換安置。
對歷史權屬來源不清的簡化認定手續確權登記。本着尊重歷史和當前現狀相結合的原則，對歷史權源不清問題具體分析，分類處理。針對可以提供權源材料的情況，認可不同年代政府及土地、建設、規劃等職能部門核發的有關批准檔案或者蓋章確認的有關用地證明材料，將它們作爲宅基地登記發證的依據，在登記部門直接予以建檔登記造冊。針對因各種原因無法提供權源材料的情況，應將符合土地利用總體規劃或城鄉規劃，並符合“一戶一宅”及規定面積的，由村(居)委會出具證明，確認宅基地的權利人、面積、範圍、取得時間等現狀情況，在村鎮公告、公示後予以登記發證。
