承包工程合同糾紛由哪個部門解決

這屬於民事糾紛，可以雙方協商解決，協商不成的，如果有仲裁條款，可以向約定的仲裁委提起仲裁，沒有約定的，可以去有管轄權的法院訴訟解決。
建設工程合同是承包人進行工程建設，發包人支付價款的合同。
建設工程合同包括工程勘察、設計、施工合同。建設工程合同應當採用書面形式。

法律依據

《民法典》第二百三十三條
物權受到侵害的，權利人可以通過和解、調解、仲裁、訴訟等途徑解決。