1、辭退員工補償金不會扣除社保，這是由於為職員繳納社保是單位應盡的義務，繳納後無權要求單位返還。
根據《社會保險法》
第八十四條 用人單位不辦理社會保險登記的，由社會保險行政部門責令限期改正;逾期不改正的，對用人單位處應繳社會保險費數額一倍以上三倍以下的罰款，對其直接負責的主管人員和其他直接責任人員處五百元以上三千元以下的罰款。
2、辭退員工補償金的支付依據
(1)《勞動合同法實施條例》
第二十七條 《勞動合同法》第四十七條規定的經濟補償的月工資按照勞動者應得工資計算，包括計時工資或者計件工資以及獎金、津貼和補貼等貨幣性收入。勞動者在勞動合同解除或者終止前12個月的平均工資低於當地最低工資標準的，按照當地最低工資標準計算。勞動者工作不滿12個月的，按照實際工作的月數計算平均工資。
(2)《勞動合同法》
第四十七條 經濟補償按勞動者在本單位工作的年限，每滿一年支付一個月工資的標準向勞動者支付。六個月以上不滿一年的，按一年計算;不滿六個月的，向勞動者支付半個月工資的經濟補償。勞動者月工資高於用人單位所在直轄市、設區的市級人民政府公佈的本地區上年度職工月平均工資三倍的，向其支付經濟補償的標準按職工月平均工資三倍的數額支付，向其支付經濟補償的年限最高不超過十二年。本條所稱月工資是指勞動者在勞動合同解除或者終止前十二個月的平均工資。
二、辭退員工補償金一定需要支付嗎
勞動者被用人單位解除勞動關係(開除、解僱、炒魷魚)，是否應該支付補償或賠償，大體分以下四種情況。
1、用人單位與勞動者解除勞動關係，沒有任何合法理由，也沒有支付經濟補償或者沒有履行合法程序，勞動者不存在《勞動合同法》第三十九條規定的情形，可以認定該用人單位行為屬於《勞動合同法》第八十七條規定的違法解除的情形，應該支付賠償金。標準為每工作一年支付2個月的本人工資，俗稱2N;
2、用人單位依據《勞動合同法實施條例》第十九條規定情形與勞動者解除勞動關係的，其中符合《勞動合同法》第四十六條規定的，應該支付勞動者經濟補償金，即每工作一年支付一個月本人工資，N;
3、符合《勞動合同法》第四十條，並且沒有提前1個月書面通知勞動者的，除了支付經濟補償金外，還應多支付1個月工資作為代通知金，總計N 1;
4、如果勞動者存在《勞動合同法》第三十九條規定的情況，用人單位提出解除勞動關係的，不需要支付任何經濟補償，也不需要提前通知勞動者;但是，這需要用人單位舉證並且書面通知勞動者解除勞動關係。
《勞動合同法》第三十九條勞動者有下列情形之一的，用人單位可以解除勞動合同：
(1)在試用期間被證明不符合錄用條件的;
(2)嚴重違反用人單位的規章制度的;
(3)嚴重失職，營私舞弊，給用人單位造成重大損害的;
(4)勞動者同時與其他用人單位建立勞動關係，對完成本單位的工作任務造成嚴重影響，或者經用人單位提出，拒不改正的;
(5)因本法第二十六條第一款第一項規定的情形致使勞動合同無效的;
(6)被依法追究刑事責任的。
並非單位辭退職員就需要支付經濟補償金，通常情形下，只有被辭退的職員並不存在過錯，單位才需要按照《勞動合同法》的規定，以職員在職期間的平均月工資為基數，支付一筆經濟補償金。
