根據民法典的相關規定，當補充合同的約定與主合同的約定發生矛盾時，應該以時間在後的約定條款為準執行。時間在後的約定，實際上是對主合同的原約定的重新修訂，該新約定是補充合同的精要和實質。如果仍以主合同的原條款為準執行，那就失去了補充合同存在的意義。【法律依據】《民法典》第五百一十條【合同沒有約定或者約定不明的補救措施】合同生效後，當事人就質量、價款或者報酬、履行地點等內容沒有約定或者約定不明確的，可以協議補充;不能達成補充協議的，按照合同相關條款或者交易習慣確定。
