能否追究违约金可以申请仲裁。是否可以追究其违约责任,还要分析你们公司的制度“接收的进京毕业生须为单位工作满三年,每少服务1年追究1万元违约责任。”是否属于劳动合同范围内。如果是,则可以追究。否则不能追究。