被检察院决定不起诉决定的当事人是否会有案底要视具体情况而定:1、如果犯罪嫌疑人是因没有违法犯罪事实而被决定不起诉的,则不会有案底。2、如果犯罪嫌疑人不是因没有违法犯罪事实而被决定不起诉,而且因犯罪情节轻微或具有《刑事诉讼法》第十五条规定的情形之一而被不起诉的,仍会有本应的案底记载。法律依据:《刑事诉讼法》第十五条 认罪认罚从宽制度犯罪嫌疑人、被告人自愿如实供述自己的罪行,承认指控的犯罪事实,愿意接受处罚的,可以依法从宽处理。