軟體著作權糾紛的處理方式軟體著作權侵權糾紛可以調解。軟體著作權合同糾紛可以依據合同中的仲裁條款或者事後達成的書面仲裁協議,向仲裁機構申請仲裁。當事人沒有在合同中訂立仲裁條款,事後又沒有書面仲裁協議的,可以直接向人民法院提起訴訟。