(一)營業稅
《營業稅稅目註釋(試行稿)》(國稅發[1993]149號)第八、九條對此作出了明確規定：“以不動產(無形資產)投資入股，參與接受投資方利潤分配、共同承擔投資風險的行為，不徵營業稅。但轉讓該項股權，應按本稅目徵稅”。2002年12月《財政部、國家稅務總局關於股權轉讓有關營業稅問題的通知》(財稅[2002]191號)對這種行為徵稅辦法重新作出規定，自2003年1月1日起，對以無形資產、不動產投資入股，參與接受投資方利潤分配，共同承擔投資風險的行為，不徵收營業稅。對股權轉讓不徵收營業稅。《營業稅稅目註釋(試行稿)》(國稅發[1993]149號)第八、九條中與新規定內容不符的予以廢止。
如：山東勝利股份公司關於轉讓青島勝通海岸置業發展有限公司部分股權的相關協議如下(採用資料全部來源於上市公司公告)：
本公司、青島勝信投資有限公司、青島四方城市發展有限公司與青島城市建設投資(集團)有限責任公司簽署協議，本公司將持有的勝通海岸18%股權分次轉讓給青島城投;勝信投資(本公司持股62.5%)將其持有的勝通海岸20%股權轉讓給青島城投;四方城發將其持有的勝通海岸13%的股權通過法定程式轉讓給青島城投。雙方確認本公司轉讓勝通海岸18%的股權價款共計為人民幣31，140萬元。勝信投資本次轉讓勝通海岸20%的股權價款共計為人民幣34，600萬元。
根據財稅[2002]191號規定，此次股權轉讓不徵收營業稅。
(二)企業所得稅
企業股權投資轉讓所得應併入企業的應納稅所得，依法繳納企業所得稅。
1、企業股權投資轉讓所得或損失是指企業因收回、轉讓或清算處置股權投資的收入減除股權投資成本後的餘額。國稅函[2004]390號規定：企業在一般的股權買賣中，應按《國家稅務總局關於企業股權投資業務若干所得稅問題的通知》(國稅發[2000]118號)有關規定執行;股權轉讓人應分享的被投資方累計未分配利潤或累計盈餘公積應確認為股權轉讓所得，不得確認為股息性質的所得。
2、國稅發[2000]118號規定：企業股權投資轉讓所得應併入企業的應納稅所得，依法繳納企業所得稅;投資企業取得股息性質的投資收益，凡投資企業適用的所得稅稅率高於被投資企業適用的所得稅稅率的，除國家稅收法規規定的定期減稅、免稅優惠以外，其取得的投資所得應按規定還原為稅前收益後，併入投資企業的應納稅所得額，依法補繳企業所得稅。根據以上規定，投資企業可以利用其在被投資企業的影響先由被投資企業進行利潤分配然後轉讓股權，以達到減輕所得稅費用、提高稅後淨收益的目的。
3、國稅函[2004]390號關於股權轉讓所得稅補充規定：一、企業在一般的股權(包括轉讓股票或股份)買賣中，應按《國家稅務總局關於企業股權投資業務若干所得稅問題的通知》(國稅發[2000]118號)有關規定執行。股權轉讓人應分享的被投資方累計未分配利潤或累計盈餘公積應確認為股權轉讓所得，不得確認為股息性質的所得;二、企業進行清算或轉讓全資子公司以及持股95%以上的企業時，應按《國家稅務總局關於印發(企業改組改制中若干所得稅業務問題的暫行規定)的通知》(國稅發[1998]97號)的有關規定執行。投資方應分享的被投資方累計未分配利潤和累計盈餘公積應確認為投資方股息性質的所得。為避免對稅後利潤重複徵稅，影響企業改組活動，在計算投資方的股權轉讓所得時，允許從轉讓收入中減除上述股息性質的所得;三、按照《國家稅務總局關於執行(企業會計制度)需要明確的有關所得稅問題的通知》(國稅發[2003]45號)第三條規定，企業已提取減值、跌價或壞帳準備的資產，如果有關準備在申報納稅時已調增應納稅所得，轉讓處置有關資產而沖銷的相關準備應允許作相反的納稅調整。因此，企業清算或轉讓子公司(或獨立核算的分公司)的全部股權時，被清算或被轉讓企業應按過去已沖銷並調增應納稅所得的壞帳準備等各項資產減值準備的數額，相應調減應納稅所得，增加未分配利潤，轉讓人(或投資方)按享有的權益份額確認為股息性質的所得。
(三)個人所得稅
根據個人所得稅法規的有關規定，個人轉讓股權應按“財產轉讓所得”專案依20%的稅率計算繳納個人所得稅。財產轉讓所得，以轉讓財產的收入額減除財產原值和合理費用後的餘額為應納稅所得額。
合理費用，是指納稅人在轉讓財產過程中按有關規定所支付的費用，包括營業稅、城建稅、教育費附加、資產評估費、中介服務費等。而有價證券的財產原值，是指買入時按照規定交納的有關費用。
需要注意的是，在計算繳納的稅款時，必須提供有關合法憑證，對未能提供完整、準確的財產原值合法憑證而不能正確計算財產原值的，主管稅務機關可根據當地實際情況核定其財產原值。
例如，2007年國美電器宣佈，在香港上市的國美電器控股有限公司，通過銀行以委託貸款給獨立第三方的方式，得到大中電器獨家管理與經營權。收購價格為36.5億。大中電器股權持有人張大中透露，正是由於大中電器被國美電器收購，其所持股權進行轉讓，向北京市地稅局一次性繳納個人所得稅達5.6億元，並得到了市地稅局向他開具的個人所得稅完稅憑證，成為國內一次性繳納個人所得稅最多的納稅人。
(四)印花稅
1、非上市公司不以股票形式發生的企業股權轉讓行為，屬於財產所有權轉讓行為，應按照產權轉移書據繳納印花稅。印花稅稅目稅率表第十一項規定，產權轉移書據應按所載金額的萬分之五貼花。國稅發[1991]155號第十條進一步明確，“財產所有權轉移書據的徵稅範圍是：經政府管理機關登記註冊的動產、不動產的所有權轉移所立的書據，以及企業股權轉讓所立的書據。”這裡的企業股權轉讓所立的書據，是指未上市公司股權轉讓所書立的書據，不包括上市公司的股票轉讓所書立的書據。
2、財政部、國家稅務總局對上市公司股票轉讓所書立的書據怎樣徵收印花稅作出了專門規定。2008年4月，經國務院批准，財政部、國家稅務總局決定，從2008年4月24號起，調整證券(股票)交易印花稅率，由現行千分之三調整為千分之一。即對買賣、繼承、贈予所書立的A股、B股股權轉讓資料，由立據雙方當事人分別按千分之一的稅率繳納證券交易印花稅。
3、對經國務院和省級人民政府決定或批准進行政企脫鉤、對企業(集團)進行改組和改變管理體制、變更企業隸屬關係，以及國有企業改制、盤活國有企業資產，而發生的國有股權無償劃轉行為，暫不徵收證券交易印花稅。
