發生醫療糾紛，首先可以醫患雙方進行協商調解，調解不成的，醫患任何一方均可向醫療糾紛仲裁機構提出處理請求。衛醫療糾紛仲裁機構受理後會指派專人妥善保管原始資料，封存有關醫療物品，組織工作人員展開調查，並形成文字材料。調查研究後，醫療糾紛仲裁機構會給出處理意見，一般會再次協商調解。協商不成的，會建議則建議患者或家屬訴諸三級醫療事故鑑定委員會，進行鑑定。如對三級鑑定結論不服，可申請復儀或二級鑑定。如仍不服，則申請複議和一級鑑定。醫療糾紛仲裁機構和醫療單位根據鑑定結論和有關法規及制度作出相應處理。如對處理結果仍不服的，不可以再向當地基層人民法院提起訴訟。 當然，雙方自行協商、請求醫療糾紛仲裁機構處理都不是必經程式，也可直接向法院提起訴訟。
發生醫療糾紛，衛生局是可以管的。衛生局的職能包括行政管理和民事調解。如果患方向衛生局申訴的話，衛生局可以委託當地醫學會進行醫療事故認定，到時應當是醫患雙方到場才能進行。如經認定為醫療事故，則衛生局可以對你們的賠償問題進行調解，同時可以對構成事故的醫療機構和醫務人員予以行政處分。
醫療機構應設立醫患關係辦公室專職承擔醫療糾紛管理工作(以下統稱醫院糾紛管理部門)，設定專門的醫療糾紛處置場所，並安裝監控裝置。在重點部門如門急診、重症監護室、婦產科、兒科等顯著位置公示醫院糾紛管理部門辦公地點及聯絡方式，在醫療糾紛處置場所內懸掛有關維護正常醫療秩序的法律、法規和醫療糾紛處置流程、患方權利義務等。發生醫療糾紛後，醫院糾紛管理部門應第一時間介入，向患方講明投訴處理流程和指引，充分告知患方權利和糾紛處理途徑。醫療糾紛根據其引發事件涉及的人數、範圍、性質、危害程度等，分為一般醫療糾紛和重大醫療糾紛，實行分級處理。一般醫療糾紛是指患者或其家屬對醫療機構及其工作人員所提供的醫療、護理等服務不滿意，以來信、來電、來訪等各種方式向醫院反映問題，提出意見和要求的行為，醫院可按照《醫院投訴管理辦法(試行)》解決，或者經解釋引導，患方理性選擇合法途徑解決的。
綜上所述，發生醫療糾紛時，醫患雙方可以自主協商解決，協商不能醫療機構無法解決的，可以向當地衛生局申請解決。再者，醫患雙方的任一方在無法主動協商解決的情況也可以向當地的法院或醫療糾紛仲裁機構申請受理，但是，法院和醫療糾紛仲裁機構只能選擇其一。
