是不一樣的，著作權過去稱為版權，也就是複製權。商標權是商標專用權的簡稱，是指商標主管機關依法授予商標所有人對其註冊商標受國家法律保護的專有權。
(1)保護的物件和範圍不同
著作權的物件是作者所創的文學、藝術和科學作品，是有形資產。其作品包括以下形式：文學作品;口述作品;音樂、戲劇、曲藝、舞蹈作品;美術、攝影作品;工程設計、產品設計圖紙及其說明;地圖、示意圖等圖形作品;計算機軟體;法律、行政法規規定的其他作品。對著作權的保護範圍是指這些作品的發表權，修改權，保護作品完整權，使用權和獲得報酬權。
而商標權的物件是以文字，圖形或者其組合構成的註冊商標，屬無形資產。對商標權的保護範圍以核准註冊的商標核定使用的商品為限。
(2)原始權利產生的途徑不同
著作權在我國同其他大多數國家一樣，都是在作者的作品創作完成之後，即依法自動產生，而不需要經過任何主管機關的審查批准。而商標權在我國實行的是註冊在先原則，只有經過最先申請註冊並獲主管機關的審查核準後，才能取得商標專用權。
(3)國家主管機關和適用法律不同
我國《著作權法》是管理著作權的基本法律。國家版權局是主管全國著作權的管理工作。
(4)保護的目的不同
著作權保護的是在文學，藝術和科學方面所創作的作品和與此相關的權益。其目的在於鼓勵有益於社會的作品創作和傳播，促進社會文化和科學事業的發展和繁榮。
商標權保護的商標，是具有區別商品或服務來源的顯著特徵的標誌。保護的目的是為了促進生產者保證商品質量和維護商標信譽，以保障消費者的利益，促進社會商品經濟的發展和公平競爭。
二、軟體著作權的限制是什麼?
對於著作權人的權利，法律上通常予以一定限制，以平衡著作權人的區域性利益與社會的整體利益。對軟體著作權的限制主要是：
1、時間限制：軟體開發者的開發者身份權保護期不受限制。軟體著作權的其他權利保護期為25年，截止於軟體首次發表後第25年的12月31日，保護期滿前，軟體著作權人可以向軟體登記機構申請續展25年，但保護期最長不超過50年。因繼承或單位分立、合併等法律行為使著作權人主體發生合法變更時，不改變相應軟體著作權的保護期。因依法簽訂使用權或使用權許可合同而轉讓有關權利時，轉讓活動的發生不改變有關軟體著作權的保護期。當擁有軟體著作權的單位終止或擁有軟體著作權的公民死亡而無合法繼承者時，除開發者身份權外，有關軟體的其他各項權利在保護期滿之前進入公有領域。
2、在保護期內，因課堂教學、科學研究、國家機構執行公務等非商業性目的的需要對軟體進行少量複製，可以不經軟體著作權人同意，不向其支付報酬。
3、軟體著作權人不得損害公眾利益，違反其他法律。
4、軟體複製品合法持有人，在不經該軟體著作權人同意的情況下，可以根據使用的需要把該軟體裝入計算機內，製作備份複製品，進行必要的修改等。
商標權和軟體著作權不一樣，著作權保護期限是50年，商標權保護期限是10年，軟體著作權有時間的限制，軟體著作權中的身份權不受保護期限的限制，但是財產權保護期是25年，從軟體發表之日開始計算，軟體著作權人依法享有著作權，不能損害公共利益，不能違反法律規定。
