向慈善機構捐款100萬可以直接免稅的,假如你企業年繳納100萬,這項捐款隻影響你企業綜合稅負,稅務部門查賬徵收,100萬是減稅部分,其餘部分是應稅額的基數。向稅務部門說明時捐款要有收據或者受捐方的證明。《個人所得稅法》第三條個人所得稅的稅率:(一)綜合所得,適用百分之三至百分之四十五的超額累進稅率(稅率表附後);(二)經營所得,適用百分之五至百分之三十五的超額累進稅率(稅率表附後);(三)利息、股息、紅利所得,財產租賃所得,財產轉讓所得和偶然所得,適用比例稅率,稅率爲百分之二十。