股東是公司的所有人，股東大會就是公司的最高權力機構，雖然股東會很少參與公司日常的經營管理活動，但對於涉及到公司生死存亡、危及股東根本利益的事項，包括決定公司前途命運的重大決策事項，股東會可以介入做出最後的決定，那麼，如果股東協議與公司法衝突怎麼處理呢?
一、股東協議
任何公民個人、法人或其他組織都不得對抗法律規定，這是最基本的一項常識，所謂股東協議衝突的對象，最多就是與符合公司法規定的公司章程發生衝突，那麼，股東協議與公司章程哪個效力更大。
股東協議是公司成立的基本前提，它明確了股東各方的權利義務，是合作各方合意的原始依據。沒有合作協議，公司就成了無源之水、無本之木，就如同沒有地基的樓房，隨時都有可能因合作各方責任不清及利益分配上的問題而坍塌。因此，協商確定完備合理的合作協議是設立公司過程中的關鍵。這關鍵的一步走好了，可以避免以後種種不必要的糾紛。
畢竟現實情況是複雜多變無法預計的。特別是在公司章程制定改變了股東協議的內容，在以後引起糾紛中，就會各持一詞。
二、公司章程
1.公司章程是公司自治性質的根本規則，可以說是公司法人的“根本大法”，規定了公司一切重大問題的處理原則和解決方式。但合作協議亦是對各方均有約束力的重要規範，且是設立公司的前提。在協議與章程衝突的情況下，究竟應優先適用誰呢?
2.自然是章程優先。從合同的相對性來看，合作協議調整的範圍相對較小，只在合作各方之間發生效力，它無法對抗第三人。而公司章程則是調整內外部所有關係的準則。是公示於社會公衆的，從誠實信用的原則和信賴利益的原則考慮，也應當優先適用公司章程解決股東之間的糾紛。 而且，公司也可以看作是股東之間的另一個協議。根據後合同優於先合同的原則，也應當優先適用公司章程。
3.從另一個角度說，股東協議可以事先約定公司章程中的某些重大問題的安排，避免和公司章程發生矛盾，以達到控制公司章程中重要事項的目的。如公司董事的提名和更換。
爲了避免公司章程和股東協議之間的衝突和糾紛。應當在股東協議或公司章程中約定，一旦股東協議和公司章程發生矛盾的，以公司章程的內容和條款爲準的排除性約定，以排除“在不牽涉到外部關係的情況下，僅是調整合作者之間的利益關係時，仍應優先適用合作協議的規定”的觀點引起的麻煩和歧義。
綜上所述，關於股東協議與公司法衝突如何處理的問題，實際上應爲股東協議與符合公司法規定的公司章程的衝突問題，公司章程是協調公司內外部各種事務的基本準則，是在工商部門進行了登記備案，公諸於衆的法律性文件，而股東協議則是約束股東之間權利義務的內部文件，因此，應以公司章程效力爲先。
