一、區分本罪與非罪的界限
判定一種阻礙執行職務的行爲是否構成犯罪，從以下幾個方面判斷：
1、行爲人主觀上有無故意阻撓軍隊指揮、值班、值勤人員執行職務的目的。如果屬於對指揮、值班、值勤人員發牢騷、講怪話、態度生硬，或者僅有一般嘲諷、辱罵，甚至輕微的頂撞行爲，行爲人並不希望對方停止、變更、放棄執行職務結果發生的，不應以犯罪論處。
2、客觀上行爲人是否實施了暴力、威脅手段，是否因此發生了指揮、值班、值勤人員停止、放棄、變更執行職務或無法執行職務的後果。如果行爲人雖然實施了某種阻撓行爲，但只是影響了指揮、值班、值勤人員正常執行職務，或者對方雖然出現了停止、放棄、變更執行職務或者無法執行職務的結果，但與行爲人的行爲並無必然的因果關係，也不應以犯罪論處。
3、行爲人的阻礙行爲對國家軍事利益侵害的輕重程度。如果行爲人阻礙指揮、值班、值勤人員執行職務的情節、後果、危害均不嚴重，就應按軍紀處理。反之，如果因行爲人的阻礙行爲，致使國家的軍事利益遭受損害的，表明其行爲的情節、後果、危害達到應追究刑事責任的程度，就應以犯罪論處。
二、區分本罪與阻礙軍人執行職務罪的界限
1、阻礙執行軍事職務罪侵害的是指揮和值班、值勤秩序，而阻礙軍人執行職務罪侵害的是軍人依法執行職務的秩序。
2、阻礙執行軍事職務罪的犯罪對象限定爲指揮人員或者值班、值勤人員，而阻礙軍人執行職務罪的犯罪對象是所有軍人，其中包括了指揮人員或者值班、值勤人員。
3、阻礙執行軍事職務罪的犯罪主體是所有軍人，而阻礙軍人執行職務罪的犯罪主體是所有達到刑事責任年齡、具有刑事責任能力的公民，包括了所有軍人。因此，當軍人阻礙其他軍人依法執行職務時，如果被阻礙執行職務的是指揮人員或者值班、值勤人員，則應以阻礙執行軍事職務罪論處;如果被阻礙執行職責的是其他軍人，則應以阻礙軍人執行職務罪論處。
三、犯本罪致人重傷、死亡的定罪量刑
本罪致人重傷、死亡的定罪，在行爲人以故意傷害他人的暴力方法阻礙指揮人員或者值班、值勤人員執行職務時，可能會造成被害人重傷或者死亡的後果。在這種情況下，行爲人雖然對造成他人傷害的結果主觀上也是故意實施的，客觀上也實施了故意傷害的行爲，但這種傷害行爲已與阻礙執行職務的行爲發生犯罪競合關係。鑑於《刑法》對阻礙執行軍事職務罪有特別規定，其中對致人重傷或者死亡的法定刑重於《刑法》第234條故意傷害罪致人重傷、死亡的法定刑，而且《刑法》第234條還明確規定”本法另有規定的，依照規定“，所以應一律以阻礙執行軍事職務罪論處，不能再定故意傷害罪。
四、區分本罪與妨害公務罪的界限
兩罪在主觀心理狀態方面是相同的，都是基於故意;在客觀方面都是以暴力和威脅方法爲犯罪手段，實施了阻礙執行職務的行爲。其區別是：
1、主體要件不同。阻礙執行軍事職務罪的主體要件爲特殊主體，即只能是軍人;妨害公務罪的主體，是一般主體，即可以是任何達到法定刑事責任年齡、具有刑事責任能力的人。
2、侵害的客體不同。阻礙執行軍事職務罪侵害的客體是軍職任務的正常執行活動，侵害的對象是軍隊的指揮人員、值班人員、值勤人員;妨害公務罪侵害的客體是社會管理秩序，侵害的對象是國家機關工作人員。這是認定和區分兩罪的關鍵所在。例如軍人以暴力、威脅方法阻礙國家工作人員執行職務的，以妨害公務罪論處。
五、區分本罪與聚衆擾亂社會秩序罪的界限
阻礙執行軍事職務罪與聚衆擾亂社會秩序罪行爲人的主觀心態、客觀表現方式方面有相似之外，但也有明顯的區別：
1、侵害的客體不同。阻礙執行軍事職務罪侵害的客體是軍隊任務的正常執行活動，是軍事利益，聚衆擾亂社會秩序罪則是社會秩序。
2、侵害的對象不同。阻礙執行軍事職務罪侵害的對象，必須是軍隊的指揮、值班、值勤人員，聚衆擾亂社會秩序罪則是針對特定的機關、單位等。
3、主體要件不同。阻礙執行軍事職務罪的主體要件只能是軍人，聚衆擾亂社會秩序罪的主體要件則是軍內外人員均可構成。
4、犯罪手段不盡相同。阻礙執行軍事職務罪是使用暴力、威脅方法，聚衆擾亂社會秩序罪的犯罪手段則是多種多樣的，如暴力襲擊、強行侵佔、衝擊、鬨鬧等。
5、犯罪結果不同。阻礙執行軍事職務罪不一定造成具體的危害結果，而聚衆擾亂社會秩序罪必須是情節嚴重，使國家、軍隊、社會遭受嚴重損失的，才構成犯罪。
