1、罪與非罪的界限
有無嚴重後果發生，是本罪與非罪行爲的分水嶺。如果對計算機資訊系統功能進行刪除、修改、增加、干擾，造成計算機資訊系統不能正常執行，或者對計算機資訊系統中存儲、處理或者傳輸的數據和應用程序進行刪除、修改、增加的操作，或者故意製作、傳播計算機病毒等破壞性程序，計算機病毒等破壞性程序尚處於潛伏期，雖然可能佔用了一定的系統資源，但沒有造成嚴重後果的，均不構成本罪。這就是說，從這種高科技犯罪的特點上考察，本罪不存在預備犯、未遂犯和中止犯三種犯罪未完成形態。因爲在沒有發生嚴重後果的情況下，認定行爲人主觀方面的罪過形式存在一定的難度，容易將技術水平不高或操作失誤的行爲作爲犯罪來處理，可能擴大打擊面，同時也不利於計算機技術的普及和我國資訊產業的發展。
2、本罪與非法侵入計算機資訊系統罪的界限
兩者的區別在於：
（1）侵犯的行爲對象不同。本罪的行爲對象是所有的計算機資訊系統;後者侷限於國家事務、國防建設、尖端科學技術領域的計算機資訊系統。
（2）行爲的方式和內容不同。本罪可以在合法使用的或非法侵入的計算機資訊系統上實施破壞行爲，後者的行爲只能是非法侵入，不實施破壞計算機資訊系統的行爲。
（3）對危害後果要求不同。本罪以後果嚴重爲成立犯罪的必要條件，屬於結果犯;後者不要求嚴重後果發生，屬於行爲犯。
（4）犯罪動機、目的不同。本罪行爲人在主觀上具有破壞系統完整性的目的或放任這一危害結果發生的心理狀態，而非法侵入計算機資訊系統罪的行爲人，則並不希望計算機資訊系統受到破壞。
（5）本罪具有基本罪和重罪兩個構成類型，法定最高刑爲十五年有期徒刑;後者是單一的構成類型，法定最高刑爲三年有期徒刑。
