著作權可以使你在別人對你的軟件盜版時，採取保護措施，防止別人盜版。然而對於你的競爭對手來講，他們跟你一樣也是軟件開發者，他們可以研究你的軟件，理解你的思路，按照你的思路完全可以編出相同效果的軟件，而且也不會侵犯你的著作權。這個時候，你軟件中最核心的東西，即軟件的構思，著作權是無法保護到的。
而軟件專利則不同，其是以技術方案的形式申請的，就是你軟件流程圖的內容。授權後，保護的是軟件的構思，他人採用該構思，就可能構成侵權。因此軟件專利的保護力度比軟件著作權要大的多，能保護軟件最核心的東西。
另外，二者所採用的法律依據也不一樣。
軟件的著作權保護依據是《著作權法》和《計算機軟件保護條例》，軟件的專利權保護依據是《專利法》。
當然了，不是說軟件專利保護力度大，就採取軟件專利保護，其也有其自身的缺點。
申請專利，專利的技術資料就需要公開，專利權的維持也需每年繳納年費，專利申請審查週期是2-3年，而軟件市場的週期較短。
綜合上面所述，可以簡單總結軟件著作權和軟件專利的區別主要有以下幾個方面：
1.著作權保護的是內容不被抄襲，專利保護的是方法不被盜用。
2.著作權在作品完成即可受保護，專利必須透過申請審覈後才能受到保護。
3.軟件都受版權保護，但是隻有有創造性、新穎性、實用性的軟件技術才能申請專利。
4.高新企業認定及相關政府項目軟件著作權也是認可的，且可加急辦理，相對於專利的長週期性，著作權在這方面具有一定的優勢的。
