是有衝突的，因爲著作權不可以對抗商標的在先權利，《商標法》所保護的在先權利是指在商標申請註冊之前即已存在並合法有效的權利。同時，當出現不同主體在相同類似商品上同日申請相同近似商標，以及以不正當手段搶先申請註冊他人使用在先並有一定影響的商標等情形時，《商標法》亦對在先使用商標提供保護，所以著作權是不可以對抗商標權的在先權利的。
著作權自願登記證書僅僅是著作權成立的一種證據，不能作爲當然的權利證書使用。知道著作權自作品完成之日成立，因此著作權成立的依據應該是作品的創作思路、原創手稿等一些列能夠表達創作過程的原始資料。
二、著作權需要申請嗎?
著作權是不需要申請的。著作權從作品產生之日起既享有，作品不論是否登記，作者依法取得的著作權不受影響。而實行作品自願登記制度，目的在於維護著作權人的合法權益，有助於爲解決著作權糾紛提供初步證據。
在訴訟中，原告常常需要拿出原稿、原件、創作行爲的證明材料、受讓或許可使用的合同等作爲權屬證據。
作品著作權登記的審查時間是1個月，登記作品經作品登記機構覈查後，由作品登記機構發給作品登記證。作品登記證由登記機構製作。登記機構的核查期限爲一個月，該期限自登記機構收到申請人提交的所有申請登記的材料之日起計算。
三、著作權保護的條件是什麼?
1、獨創性
獨創性也可以叫做原創性，是指作品是由作者獨立創作的，是作者獨立思考和勞動的產物，即在選擇和安排文字、情節、音符、顏色、畫面、造型等方面是作者獨立而成的作品。
不具備獨創性，就不受《著作權法》保護。同時，《著作權法》只要求作品是“獨創”的，而是否“首創”的則在所不問。
2、合法性
合法性並非作品的構成要素，但它是作品受著作權法保護的前提條件。
合法性不僅要求作品內容本身沒有反動、淫穢等內容，而且不能有侵犯他人著作權的情況。如果“作品”完全是侵犯他人著作權而“創作”的，不僅不能享有著作權，而且應當承擔侵犯著作權的責任;如果作品中部分內容侵犯他人著作權，而整個作品具有獨創性，可以就這些沒有侵權且具有獨創性的內容享有著作權。
3、可複製性
複製形式包括印刷、繪畫、攝影、錄製等。口頭作品也在受保護範圍內。
商標權在先著作權在後是有衝突的，著作權並不需要申請，是原始取得的，作品完成之後，作者就可以享有相應的著作權，著作權受法律保護的時間是五十年，若是個人文學作品的，著作權保護期限是作者的一生及作者死後的五十年。
