如果是農村房屋產權問題首先肯定是需要由當事人進行協商處理。其次如果雙方之間協商不下的話，那麼就由當地政府來對土地的相關所有權進行處理。如果當地政府不能擅自處理的話，那麼當事人其中一方可以向法院提起相關訴訟。
1、首先是協商解決
土地所有權和使用權爭議，由當事人協商解決。公民之間發生的農村房屋所有權糾紛，應當先透過協商的方式加以解決。
2、其次是行政解決
個人之間，個人與單位之間爭議，由鄉級人民政府或者縣級以上人民政府處理。“侵犯土地的所有權或者使用權爭議，由縣級以上地方人民政府土地管理部門責令停止侵犯、賠償損失。
3、再次是司法解決
當事人對有關人民政府的處理決定不服的，可以在接到處理決定通知之日起30日內，向人民法院起訴。這表明公民之間就土地的使用權和所有權發生的糾紛，只先經過有關行政機關的處理，對於處理決定不服，纔可以向人民法院提起訴訟。否則，人民法院不予受理。但對於侵犯土地的所有權或者使用權的，被侵權人可以不經行政機關的處理，而直接向人民法院起訴。
4、最後，農村房屋所有權糾紛還可以透過人民調解來解決。
人民調解是指在調解委員會(包括城市的居民委員會和農村的村民委員會)的主持下，以國家的法律、法規規章、政策和社會公德爲依據，對民間糾紛當事人進行說服教育、規勸疏導，促進糾紛當事人互相諒解，平等協商，從而自願達成協議，消除紛爭的一種羣衆自治活動。
從協商解決到行政解決到司法解決再到最後的人民調解解決，公權力與人民協商的結合程度在不斷加大，給予了當事人最好的解決糾紛的權利。對於農村房屋產權問題其實最主要的問題還是在當事人雙方之間。如果當事人能夠進行協商處理的話，那麼是最快也是最好的解決辦法。如果雙方協商不下的話，並且當地政府調解不下的話，最好的方式就是提起法律訴訟，由法院來進行調查和取證來確定誰最後擁有房屋產權。
其實房屋產權糾紛就是雙方當事人之間的民事糾紛，民事糾紛的處理方法其實可以總結爲四種，分別是協商、調解、訴訟以及仲裁，但是具體選擇何種的方式來處理雙方當事人之間的糾紛是不確定的，由發生糾紛的雙方當事人之間自由選擇。
