（一）醫美鑑定機構單一性及鑑定標準二元化的難題突出。
對於醫療損害鑑定在實踐中，由於涉及醫療美容鑑定事項的複雜性和專業性，幾乎均由醫學會進行鑑定。在醫學會認爲無法鑑定時，則會結合案件實際情況，酌情委託司法鑑定機構進行鑑定，但此類情況數量極少。目前實踐中亦尚未有醫患雙方協商一致由司法鑑定機構鑑定的情況。而司法鑑定機構亦因缺乏相應鑑定的專業人員亦難以進行鑑定。目前單一的醫療損害鑑定機構難以滿足實踐鑑定需求。
在鑑定標準上，2017年1月1日施行的《人體損傷致殘程度分級》，確定了司法鑑定機構和司法鑑定人進行人體損害致殘程度鑑定統一適用該規定。但目前本市的醫療損害鑑定對殘疾等級的評定，仍以《醫療事故分級標準（試行）》確定醫療事故等級，形成了鑑定標準的“二元化”。同樣的損害後果，因侵權方式的不同、法醫學和臨牀醫學的差別，可能導致評定的殘疾等級有所不同。
（二）醫療損害鑑定程序難以及時啓動問題突出。
目前，北京市所涉醫療美容糾紛案件的鑑定均由各級醫學會進行，司法鑑定機構一般不接受該類案件的鑑定。由於全市各級醫學會除了承擔人民法院委託的醫療損害鑑定職能外，還承擔了衛生行政主管機關委託的醫療事故技術鑑定職能，服務衛生行政管理，故醫療損害鑑定受理能力有限。
此外，因專業人員、經費保障等因素限制，隨着醫療糾紛案件的增多，醫學會接受鑑定數量往往難以滿足司法實踐需求，案件等待鑑定的週期較長，時間進度無法確定，醫療損害鑑定程序難以及時啓動問題突出。
（三）鑑定事項複合情況多發的難題突出。
在案件審理的過程中，就診者常對其在診療過程中的知情同意書或各類告知書提出異議，認爲不是本人或家屬簽署，申請進行筆跡或指紋鑑定，筆跡鑑定、指紋鑑定數量逐漸增多。
另外，當事人對醫方提供的電子病歷打印件的完整性、真實性、原始性、合法性提出質疑，進而提出對電子病歷進行鑑定的情形亦逐漸涌現。由於電子病歷的存儲和修改方式的特殊性，爲確保數據的完整性和原始性，需要電子病歷系統的技術開發人員、電子技術專家予以協助，提取過程複雜。
因電子病歷的非強制性及高要求性，院方常提出異議，認爲該電子數據僅僅是爲了醫院管理、儲存的方便，非法定意義上的電子病歷，堅持認爲應該以紙質病歷爲準。即便就診者堅持進行該電子數據的鑑定亦不能排除紙質病歷的真實性，雙方對此各執一詞。鑑定事項的複合性導致醫療美容糾紛案件審理難度及週期進一步增加。
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