1、無法取得房屋使用權：《中華人民共和國合同法》第五十八條規定，“合同無效或者被撤銷後，因該合同取得的財產，應當予以返還。”違法小產權房的建設、銷售者不具備房屋建設、銷售資格，沒有在政府部門登記備案。現實中因小產權房一房兩賣、房屋爛尾、買賣合同無效等情況，導致大量購房者無法取得房屋佔有使用權，在合同無效情況下也無法獲得法律支援。
2、不能辦理房產證：國土資源部、財政部、農業部聯合下發的《關於加快推進農村集體土地確權登記發證工作的通知》(國土資發〔2011〕60號)第十條規定，對於借戶籍管理制度改革或者擅自透過“村改居”等方式非經法定徵收程序將農民集體所有土地轉爲國有土地、農村集體經濟組織非法出讓或出租集體土地用於非農業建設、城鎮居民在農村購置宅基地、農民住宅或“小產權房”等違法用地，不得登記發證。
3、不能上市交易：小產權房不是商品房，即使是合法的小產權房目前也沒有完全放開流轉，不能上市交易，無法辦理抵押貸款，無法對抗國家的徵地和拆遷，購房者很難得到補償。即使將來可以上市交易，也會採取類似經濟適用房上市交易的規則，向國家補繳土地出讓金等費用，這樣小產權房的價格優勢就並不突出了。
4、沒有質量保證：目前，絕大多數的違法小產權房在建造時，無規劃許可、無土地使用證、無建築施工許可，也沒有施工監理、竣工驗收，是沒有任何質量保證的違法建築。很多小產權房在實際使用中出現牆體裂縫、房屋漏水、隔音效果差等質量問題，更無法達到防風、抗震、防水、消防的建築規範和標準。一旦發生房屋質量糾紛，甚至變成危房或房屋倒塌，購房者想維權都找不到對象，只能自行承擔損失。
5、可能被強制拆除或沒收：《中華人民共和國城鄉規劃法》第六十四條規定，“未取得建設工程規劃許可證或者未按照建設工程規劃許可證的規定進行建設的，由縣級以上地方人民政府城鄉規劃主管部門責令停止建設;無法採取改正措施消除影響的，限期拆除，不能拆除的，沒收實物或者違法收入，可以並處建設工程造價百分之十以下的罰款。”一旦違法小產權房被依法強制拆除或者沒收，購房者將無法獲得任何補償，面臨血本無歸的巨大風險。
