分公司可以獨立開票。
分公司是公司在其住所以外設立的以自己的名義從事活動的機構，不具有企業法人資格，其民事責任由總公司承擔。
但在總公司規定的經營範圍內，到所在地主管稅務機關辦理稅務登記，接受稅務管理，繳納稅款，開具發票。
經有權的稅務機關批准彙總納稅的，按彙總納稅的規定繳納稅款開具發票。
法律依據：
《中華人民共和國公司法》第十四條
公司可以設立分公司。設立分公司，應當向公司登記機關申請登記，領取營業執照。分公司不具有法人資格，其民事責任由公司承擔。
公司可以設立子公司，子公司具有法人資格，依法獨立承擔民事責任。